Habitée depuis le 19esiècle et ayant longtemps été la propriété d'une famille d'industriels, l'île Bailleron a été rachetée par l'Université de Rennes en 1959. Durant les années 60, l'Université a modernisé les installations de l'île. Un laboratoire de recherche y a été construit, l'eau courante et l'électricité y ont été installées.
D'une superficie de 6 hectares, la station possède aussi 4 hectares de concessions maritimes réservées aux chercheurs et étudiants.